La guerra tuvo como preludio diversas acciones violentas por parte de ambos bandos, en especial por los rebeldes: en verano de 1520 atacaron el vizcondado de Chelva y saquearon diversos palacios de nobles por todo el reino. Ante estas acciones, los nobles no tienen más remedio que defenderse y la guerra estalla definitivamente en el verano de 1521 en dos frentes, el norte que engloba el Maestrazgo, la Plana y el Campo de Morvedre, y el sur en las comarcas de Alzira, Játiva, Gandía y Elche.
En el frente norte, las tropas realistas a las órdenes del duque de Segorbe derrotaron a los rebeldes en Oropesa el 4 de julio y en Almenara el 18 de julio. En cambio, en el sur los rebeldes, dirigidos por Vicent Peris consiguieron tomar el castillo de Játiva el 14 de julio y una semana más tarde derrotar en Gandía a las fuerzas del virrey, que huyó hacia Denia, consiguiendo la única victoria agermanada en batalla, que fue seguida de intensos saqueos por toda la huerta de Gandía y por el bautismo forzoso de todos los musulmanes de la Safor y las comarcas vecinas. Los agermanados mostraron las divisiones internas en el movimiento, entre los moderados y los radicales como Vicent Peris, y no supieron sacar provecho a su victoria. Los nobles valencianos, desbordados por la situación, piden ayuda a la nobleza castellana, y en respuesta el marqués de Los Vélez entra en el reino por la frontera sur al mando de un ejército. Un més después de la batalla de Gandía, el marqués de Los Vélez consigue una gran victoria en Orihuela, y la ciudad cae ante las fuerzas realistas, que ejecutan a más de cuarenta agermanados, represión similar a la efectuada en Alicante y Elche unos días más tarde. En las siguientes semanas, todas las ciudades y villas rebeldes del sur del reino son recuperadas por las fuerzas reales, que se unen para recuperar la capital.
Vicent Peris huyó a Valencia, pero no pudo evitar que a principios de noviembre la ciudad permitiese la entrada al virrey, cuyas condiciones fueron aceptadas por el gobierno municipal: entrega de todas las armas y nombramiento de nuevos jurados, dejando a Alzira y Játiva como las únicas ciudades en poder de los rebeldes. Peris, que había conseguido escapar, volvió a Valencia para intentar que la ciudad se alzase de nuevo, pero sus compañeros le entregaron cuando las tropas realistas le localizaron escondido en su propia casa, y fue ejecutado. En este momento apareció un misterioso personaje, conocido por la historiografía como El Encubierto, que pretendía ser el nieto de Fernando el Católico, el cual trató de hacerse con el control de la ya moribunda germanía, pero el 19 de mayo fue asesinado en Burjassot por unos compañeros sobornados por el virrey. El fin definitivo de la revuelta llegó en diciembre de 1522, con la rendición de Alzira y Játiva a principios de mes.
La germanía fracasó por la diversidad de los intereses y motivaciones de sus integrantes, las derrotas militares fueron a menudo consecuencia de estas divisiones. Por un lado estaban los moderados, como Joan Llorenç, que representaban a los sectores más acomodados de la burguesía urbana, frente a los más radicales, encabezados por Vicent Peris, que tenían su origen en los artesanos y jornaleros de extracción más humilde. La división del movimiento quedó demostrada apenas unos días después de la victoria en Gandía, cuando los moderados trataron de negociar una salida pacífica del conflicto a espaldas de los radicales, que defendían la necesidad de continuar con la lucha armada, o cuando Peris ignoró las peticiones de ayuda de Orihuela ante el avance del marqués de Los Vélez. Los moderados deseaban reformas necesarias en el gobierno de Valencia, mientras que los radicales eran una manifestación del descontento de las clases humildes por la miseria que padecían y convirtieron un movimiento de carácter político en una lucha social con un marcado carácter antiseñorial.