Esta aversión se incrementa durante la guerra de la Germanía, donde los mudéjares luchan al lado de sus amos aristócratas. Se llegó a tal punto que o se integraban por completo en la vida y culturas cristiana o se expulsaban del territorio. Pero la posible conversión provocó que el problema se contemplase desde una óptica política más que religiosa, ya que si se convertían al cristianismo, podrían ascender socialmente, y esto no interesaba entre los nobles.

La presión turca aumenta en el Mediterráneo occidental durante la segunda mitad del siglo XVI. La sublevación de la Alpujarra en Granada, elevó el número de moriscos en el Reino de Valencia, al escapar de las represalias por dicha sublevación. Además, no hay que olvidar la Inquisición, institución que si en un primer  momento no se centraba demasiado en la población morisca, sí es verdad que fue aumentando sus autos de fe sobre ellos.

A todo esto hay que añadir que las guerras entre los cristianos habían terminado a la muerte de Felipe II, en 1598. Lo que fue aprovechado por Felipe III para centrar sus movimientos a favor de la expulsión de los moriscos.

El día 2 de septiembre de 1609 se publicaba el bando de la expulsión. En este bando se dice que en el plazo de tres días tenían que irse, llevándose con ellos solamente sus bienes muebles, dejando los inmuebles intactos, bajo pena de muerte.

Con la expulsión de los moriscos, el Reino de Valencia, que contaba con alrededor de 450.000 habitantes, perdió 170.000, es decir, casi el 30% de su población. Extensas zonas quedaron deshabitadas, sobre todo zonas rurales, que es en donde se concentraba la población morisca.

Pero no todos los moriscos aceptaron de forma dócil la expulsión, por lo que hubo revueltas. El 20 de agosto de 1609 llegó a Valencia el general Agustín Mexía, que en secreto se reunió con el virrey y con el arzobispo Juan de Ribera, para comunicarles la tarea que en verdad venía a llevar a cabo: la expulsión de los moriscos bajo las órdenes de Felipe III, firmadas en Segovia. Las tropas que se encargarían de dicha tarea estaban en camino por lo que entre los tres fueron trabajando en la elaboración del bando de expulsión que el virrey firmó el 22 de septiembre. En el bando se justificaba la expulsión con el argumento de que los moriscos seguían profesando la religión musulmana, y por sus conspiraciones junto con los enemigos de la corona. Fueron expulsados de sus viviendas por comisarios y llevados a los puertos donde embarcarían hacia Berbería, tan solo con los bienes que pudiesen llevar sobre ellos mismos. Las tierras y casas quedarían para sus señores. Quedaban excluidos, y por tanto podían quedarse: aquellos que fuesen buenos cristianos, las moriscas casadas con cristianos viejos y sus hijos, los niños menores de 4 años que sus padres quisiesen dejar, y a un 6% de cada localidad para facilitar el asentamiento de los repobladores.

Los moriscos eran una tercera parte de la población, eran campesinos vasallos de señorío, y estaban repartidos por todo el reino, excepto las tierras altas del Maestrazgo  y Morella. Eran mayoría en el interior, junto a los principales ríos, y en las Marinas. Casi una cuarta parte de esta población morisca vivía en las zonas de regadío, en el entorno de Alzira, Xàtiva o Gandía. En l’Horta de Valencia había población mixta. La antigua morería de la ciudad, en el barrio del Carmen, se había reducido a unas pocas casas tras el asalto de 1455 y el bautismo forzoso durante la Germanía.

Para la salida, el gobierno no contemplaba la idea del puerto de València como embarcadero para los moriscos, ya que dadas sus condiciones no era el adecuado para las galeras que se encargarían de llevarlos al norte de África. A pesar de esto, se utilizó el Grao tras la negociación de los moriscos, para poder ser trasladados en mercantes, como salida de numerosas poblaciones próximas a la capital. En el mes de octubre embarcaron en él cerca de diez mil moriscos de l’Horta y de zonas cercanas. Los primeros en salir fueron los de Alcàsser y Picassent. Se les dio cobijo en las atarazanas del Grao mientras no encontraban sitio en las embarcaciones. A partir de los primeros días de diciembre tuvo lugar la segunda fase de los embarques. Esta fue más dramática que la anterior, que eran los sublevados de la Muela de Cortes. Fueron vencidos y saqueados por los soldados por lo que su estado era pésimo. Hasta finales de diciembre salieron unos 15.000 moriscos.

La ciudad de València vivió la expulsión con cierto temor. Uno de los enfrentamientos que solían ocurrir entre cristianos viejos y los moriscos, provocó el día de San Francisco una falsa alarma que causó el pánico, pero el virrey logró sofocarla. El arzobispo Ribera dio un sermón en la catedral el 27 de septiembre sobre el edicto de expulsión. Había un ambiente de exaltación, hasta el punto de que la ciudad hizo una lápida latina como recordatorio de la expulsión y de las autoridades que participaron en ella, hoy se encuentra en el Museo de Bellas Artes.