El odio contra los judíos viene desde antiguo, son víctimas de constantes ataques al ser vistos como los asesinos de Cristo, los cristianos consideran que sufren males como las guerras y las enfermedades porque Dios les castiga por permitir la existencia de los judíos. A pesar de ser perseguidos y discriminados, muchos judíos ocupan cargos de importancia en las finanzas y la administración, su importancia es la razón de que los nobles, a pesar de odiarlos traten de protegerlos de las iras del pueblo, que los considera un elemento nocivo. En Valencia, una ordenanza municipal de 1385 prohibió tirar piedras a los judíos que se cruzasen con el recorrido de la procesión del Corpus.

El fin de la judería de Valencia llegó en medio del estallido antisemita de 1391, desde su origen en Sevilla se extendió por toda la península. Los judíos fueron la víctima propicia para la ira popular, que los responsabilizar de las consecuencias de la Peste Negra y las guerras entre los reinos peninsulares, que ocasionan graves secuelas. Cuando las noticias de los ataques llegaron a Valencia, el 9 de julio, un grupo de jóvenes comenzaron a amenazar a los judíos de la ciudad, que decidieron refugiarse en la judería, pero algunos de los alborotadores consiguieron entrar, y ante sus gritos de que los judíos les estaban atacando, los que aguardaban fuera del recinto lo asaltaron, accediendo desde los tejados de las casas vecinas para abrir las puertas y facilitar la entrada a la multitud que se había ido congregando a lo largo de la jornada. Más de doscientos judíos fueron asesinados y todos los supervivientes fueron bautizados a la fuerza o voluntariamente por miedo, sin que las autoridades lo impidieran, de hecho se tiene constancia de la participación de algunos nobles y caballeros en los ataques, como en Gandía, donde el marqués de Villena estuvo presente en las ceremonias religiosas. De todas las juderías del reino, solamente se salvó la de Sagunto, que se convirtió en el principal núcleo judío en el territorio valenciano, y las juderías de Játiva y Burriana, que fueron reconstruidas. La comunidad judía perdió el peso que había tenido y quedaron marginados socialmente, mientras que los bautizados se convirtieron en blanco de sospechas por las dudas que suscitaban la sinceridad de su conversión y el resentimiento que causaba que muchos de ellos tuvieran importantes puestos tanto en la élite, ya que la conversión les abrió el acceso a puestos y privilegios que anteriormente les estaban vedados.

El odio a los musulmanes es otro elemento presente en la sociedad, aunque hay ejemplos de colaboración, como en Borriol y Elda, donde las comunidades cristiana y musulmana financiaron conjuntamente el abastecimiento de la población o en algunos casos se ayudan para pagar los tributos debidos al señor, la convivencia entre gentes de diferentes credos no fue pacífica.

Las relaciones solían ser tensas, y hubo conflictos con frecuencia, por lo que las autoridades trataron de impedir que se produjeran disputas con ordenanzas municipales para regular las relaciones sociales y limitarlas en la medida de lo posible.En poblaciones como Manises o La Valldigna, se prohibió a los cristianos participar en las fiestas de los musulmanes o invitarles a participar en las suyas. Otros reglamentos incluían normas sobre el vestuario o la prohibición de pronunciar en voz alta el nombre de Mahoma. En 1386 los musulmanes granadinos atacaron las comarcas sureñas del reino, y como represalia, la morería de Játiva fue asaltada por los cristianos de la ciudad. Este tipo de incursiones eran frecuentes por parte de ambos bandos, ya que a menudo los nobles valencianos organizaban cabalgatas para saquear los asentamientos granadinos de la frontera. En 1391, un día después del ataque a la judería de Valencia, una multitud intentó asaltar la morería de la ciudad, pero las autoridades pudieron impedirlo recurriendo a la milicia urbana.

En el siglo XV aparece una nueva amenaza para las poblaciones costeras, los piratas berberiscos, que en ocasiones son ayudados por mudéjares, aumentando la desconfianza de la población, que los ve como una avanzadilla de los granadinos y los norteafricanos, dificultando una convivencia ya de por sí difícil. El resentimiento contra los musulmanes tuvo su máximo exponente en 1455, cuando la morería de Valencia fue asaltada por una muchedumbre enfurecida. A pesar de ello, los musulmanes siguieron siendo un porcentaje importante de la población del reino, especialmente en el medio rural, dedicándose a la agricultura y a las artesanías. Tampoco hay que olvidar la presencia de esclavos en el territorio valenciano, que mayoritariamente son prisioneros musulmanes, de la misma forma que muchos de los esclavos presentes en territorios del islam son cristianos capturados en incursiones. La conquista de Granada en 1492 y la propaganda antiislámica dificultaron aún más su situación, haciendo que la población no vea ninguna diferencia entre los mudéjares, habitantes del reino y súbditos del rey, y los musulmanes del extranjero.