Al igual que la mayoría de las epidemias, la peste bubónica que sufrió Valencia en el año 1647, se propagó a causa de las malas medidas higiénicas que había en la ciudad, o a la ausencia de ellas, así como de una mala alimentación. Aunque personajes como el dominico Gavaldà, atribuían estos acontecimientos a un castigo divino.

La peste, además de muerte y destrucción, trajo consigo un cambio en la mentalidad y un cambio de vida de la gente de la centuria. La pobreza y la delincuencia aumentaron, y muchas mujeres que se quedaron viudas y niños que perdieron a sus padres, pasaron a formar parte del grupo de marginados, ya que para poder subsistir, comenzaron a dedicarse a la prostitución o a la delincuencia. La vida social y cultural también se vio afectada, dado que por el miedo al contagio se prohibieron eventos de carácter social como las procesiones y actos litúrgicos, así como también el teatro y otras actividades de ocio.

La economía del siglo XVII también se derrumbó, ya debilitada de antemano. En el plano político, Valencia estaba luchando con las tropas de Felipe IV contra el levantamiento secesionistas en Cataluña.

La epidemia comienza en el verano de 1647 después de un año muy seco, según cuentas las crónicas de la época. Al principio, las autoridades no le dieron toda la importancia que merecía, porque los más afectados eran niños y ancianos. Pero a finales del mes de junio ya había muerto mucha gente, y en septiembre se toman las primeras medidas, prohibiendo el comercio con el exterior y poniendo vigilancia en todas las puertas de la ciudad de València. Se cree que la peste llegó a través de un  cargamento de mercancías procedente de Argel, por lo que obligaron a poner en cuarentena a todos aquellos llegados de esas tierras. Además, se quemaron cantidades importantes de cereal, dejando solamente el de mejor calidad, así como también se prohibió comer ciertos pescados de la Albufera y algunas hortalizas, por temor a que estuviesen contaminadas. A mediados del mismo mes, los Jurados de la ciudad, alientan a la población a que acudan a las misas y rogativas para pedir el perdón divino. Este hecho hace que la enfermedad se propague más rápidamente.

Las Juntas ordenan, además de las medidas higiénicas generales para toda la ciudad, medidas muy estrictas en las Casas del Morbo, como por ejemplo limpiar todos los utensilios a conciencia todos los días, cuando alguien moría había que quemar la paja del colchón y lavar la tela. En el Hospital General, estas medidas eran todavía más estrictas; como lavar la lana de las camas con lejía o quemar las ropas de los infectados que ingresaban.

Cuando la epidemia estaba en su máximo apogeo, en el mes de octubre de 1647, se reunieron jurados, teólogos y otra gente importante de la ciudad para acordar medidas para intentar frenar la peste que los asolaba. Entre ellas estuvo el aprovisionamiento de comida para el Hospital y las Casas del Morbo, excepto de pescado, que estaba prohibido.

En noviembre, según la documentación contemporánea, ya había más de dos mil muertos. En las fuentes del Hospital General, se atestigua que la epidemia duró hasta febrero de 1648. Al remitir la epidemia, las Casas del Morbo se cierran, y en marzo tan solo queda abierta la de Troya.

Los Jurados de la ciudad, en la Junta que celebraron en marzo, cifran en más de veinte mil las personas fallecidas. La mortalidad más elevada en el Hospital General se produce entre los meses de septiembre y octubre de 1647.