La germanía es un conflicto que surgió en la transición entre la Edad Media y la Edad Moderna, por eso los especialistas debaten si se encuentran ante la última sublevación de época medieval o ante la primera revuelta de carácter moderno. En el mismo periodo encontramos las Comunidades de Castilla. El término germanía deriva del vocablo catalán germans (hermanos), siendo un hermanamiento en un primer momento de los gremios de la ciudad de Valencia, que más tarde se extenderá por el resto del reino.
Son diversos los acontecimientos que transcurrieron antes del estallido de las germanías, y que provocaron la misma. En 1516 muere Fernando el Católico y asciende al trono Carlos I de Habsburgo junto con su madre Juana I (de forma nominal), este cambio dinástico en sí ya abre un periodo de cierta inestabilidad en el reino, toda sucesión tiene momentos de tensión, pero a eso hay que añadir un cambio dinástico y la entronización de un príncipe extranjero, como fue el caso de Carlos, educado en Flandes y desconocedor de las costumbres de los reinos que componían la monarquía hispánica. Este cambio de poderes en la ciudad de Valencia supuso un cierto vacío de poder y la ciudad se intenta desligar del control regio a la hora de elegir a los jurats. En este mismo periodo confluye además un malestar por los sectores gremiales de la ciudad por la crisis del sistema gremial y su pérdida de competitividad arrastrada desde los inicios del siglo y un intento de adquirir más peso político, además de una crisis de carestía.
En 1519 en la ciudad de Valencia se vive el peor momento de una crisis de subsistencia iniciada años antes, y la llegada de una epidemia de la peste, junto con la amenaza de los piratas berberiscos en las costas que impiden el comercio marítimo y la llegada de trigo de Sicilia, que agrava la crisis de la sociedad valenciana. El peligro berberisco obligó a aplicar la sanción de 1516 de Fernando el Católico que autorizaba a los gremios a armarse en defensa de la ciudad ante un posible ataque pirata. Además, con motivo de la llegada de la peste a la ciudad, la nobleza y los ciudadanos preeminentes habían abandonado la urbe dirigiéndose a sus posesiones en el campo esperando poder evitar así el contagio y la muerte, este hecho dejó a la ciudad de Valencia sin gobierno y sumida en el caos.
En medio de este clima de malestar general proliferaron en las parroquias los sermones de carácter milenarista, en los que se enfatiza que todos los males que padecía la ciudad eran un castigo divino por la permisividad del pecado. Atizados por los predicadores, se produjeron numerosos episodios violentos, entre ellos la persecución de sodomitas. El caso más conocido es el del panadero del Estudi General, Fernando Sanchis, quien se acogió al amparo de la catedral por su condición de tonsurado, aunque finalmente fue sacado a rastras por la multitud y quemado en la hoguera a las puertas del templo. Los historiadores han confirmado que detrás de estas insidias estaba la figura del Justicia Ferragut, quien se aprovechaba de los desórdenes para apropiarse de los bienes de los acusados de clase acomodada.
Ante el caos imperante, los gremios —armados en virtud de la sanción de 1516— decidieron organizarse y actuar como un poder paralelo e independiente. Para ello crearon la Junta dels tretze, en la que estaban representados los gremios más importantes de la ciudad, presentándose como salvadores y restauradores de la justicia y el buen gobierno. El trece no fue elegido al azar, pues evocaba el número místico de los apóstoles junto a Jesucristo.
La Junta dels tretze jamás se opuso al poder de la monarquía, sino que buscó su apoyo y ratificación, para lo cual enviaron una embajada a la Corte, que fue recibida y, al menos en un primer momento, atendidas sus peticiones. En contrapartida, Carlos I buscaba apoyos para jurar los Fueros del Reino por delegación, lo que contravenía lo establecido en los Fueros. Con este motivo fue enviado a Valencia Adriano de Utrecht, regente de Castilla (y futuro Papa Adriano VI), quien, sin embargo, no consiguió su objetivo por la oposición de los estamentos militar y eclesiástico. Este hecho produjo un malestar en la corte que hará que el primer respaldo hacia los agermanados sea retirado, pues ya no había necesidad de su apoyo, y junto con las presiones del estamento militar del reino, el rey, en un intento de controlar la situación que el mismo, que en un primer momento había alentado, nombra al conde de Mélito, Diego Hurtado de Mendoza, virrey del Reino de Valencia (1520-1523), con el encargo de arrebatar a la Junta dels tretze el control de la germania.
Este hecho y las actuaciones del propio virrey llevaron a la propia radicalización del movimiento. El punto de inflexión fue el intento del virrey para que fueran aceptadas las órdenes reales para la elección de los jurats, oponiéndose a ello la Junta dels tretze, tras el periodo de menos control después de la muerte de Fernando el Católico, llegando estos a imponer por la fuerza la representación popular con dos jurats, pasando de dos generosos y cuatro ciudadanos a dos generosos, dos ciudadanos y dos agremiados. Además también consiguieron cotas de poder en el Consell General. En definitiva la política de la ciudad de Valencia antes controlada por el patriciado urbano ahora tenía participación de la clase popular. Esta creciente tensión en la ciudad y los avances en cotas de poder de los agermanados desembocó a ataques contra las casas de los caballeros e incluso contra el propio virrey. Ante el cariz de los hechos el virrey Diego Hurtado de Mendoza decidió huir de la ciudad y refugiarse en Denia, el rey ordenó la obediencia al virrey y la disolución de la Junta dels tretze, certificando definitivamente la ruptura del movimiento de la germanía con la corona.
Tras las órdenes de Carlos I muchos abandonaron la junta y el apoyo al movimiento, pero siguió perviviendo una parte que se radicalizó apoyándose en la corriente milenarista de la época abogó por la igualdad social y la unidad en la fe. La primera medida era eliminar a los caballeros y la segunda convertir a los mudéjares de las tierras valencianas, pero la guerra de las germanías realmente estalló por la difusión del movimiento por el resto del reino, especialmente en las zonas de señorío, donde es más fuerte el poder de la nobleza y donde se encuentran los mudéjares valencianos, hay que recordar que el mudéjar es una mano de obra más barata para el señor y que ofrece más beneficios, al no estar incluidos en la organización gremial, por lo que los trabajadores de los gremios los ven como una competencia desleal y por ello quieren la unidad de la fe para eliminar este trato de favor.