La institución de la Inquisición tiene su origen en los últimos años del s. XII por el papa Lucio III, en el sur de Francia, para combatir la herejía de los cátaros, cada tribunal dependía del obispo de su territorio de actuación. Este primer tribunal tuvo escasa eficacia, y a mediados del siglo siguiente fue el papa Gregorio IX quien estableció la coordinación de todos los tribunales por parte del papado, empleando a las órdenes mendicantes como los dominicos para controlarla. Fue denominada Inquisición Pontificia, y en España se limitó a la Corona de Aragón, donde fue establecida a partir de 1249.
Los Reyes Católicos establecieron la nueva Inquisición en 1478 en todos sus reinos, con la particularidad de que estaría bajo control de la monarquía y no de la Iglesia a pesar de que sus miembros eran clérigos. Tenía como objetivo principal vigilar a los conversos, siendo al mismo tiempo un organismo religioso y político que permitiría combatir cualquier disidencia, en contraste con la primera Inquisición, que había nacido para erradicar herejías en el seno de la cristiandad y tenía una finalidad puramente religiosa.
En Valencia, el tribunal se estableció en 1484. El rey Fernando lo hizo sin plantear la cuestión a las cortes del reino, al presentar el nuevo tribunal como la continuación de la antigua Inquisición aún existente legalmente en el reino, lo cual generó ciertas resistencias y protestas, debido a que muchas actuaciones del tribunal como la autorización para entrar en domicilios o torturar entrarían en conflicto con los fueros del reino, pero fueron superadas rápidamente al incidir en el aspecto religioso del tribunal y en que su ámbito de actuación se limita a la defensa de la fe, algo que no afecta a los fueros ni a las leyes. Estos argumentos no impidieron que se produjeran resistencias armadas en Aragón y Cataluña, en Zaragoza fue asesinado el Inquisidor Pedro de Arbués en 1485, fruto de una conspiración organizada por algunos conversos, y la ciudad de Teruel se negó a permitir la entrada de los inquisidores, por lo que fue sitiada por las tropas reales hasta que las autoridades se rindieron, lo que no evitó que muchos de sus habitantes fueran asesinados como represalia.
En Barcelona en 1487 se recurrió a la amenaza de repetir con la ciudad lo que había ocurrido en Teruel para convencer a las autoridades municipales de que no dificultaran la labor de los inquisidores. Las resistencias en Cataluña también tuvieron motivación económica, ya que muchos conversos tenían puestos de importancia en el sector económico y financiero de Barcelona, y su desaparición habría supuesto un grave problema para el entramado económico barcelonés. Las protestas contra el tribunal de la Inquisición fueron constantes a lo largo del siglo XVI en los territorios de la Corona de Aragón, en particular con el Consejo de Aragón, el principal órgano de gobierno, creando frecuentes conflictos de competencias que suelen solucionarse organizando juntas mixtas que deben contar con la asistencia del virrey.
La implantación de la Inquisición en Valencia fue mucho más fácil y se hizo sin resistencia de ninguna clase. En su período inicial de actuación, entre 1484 y 1530, fueron procesadas más de 2.300 personas, de las que unas 754 murieron, en torno al 90% de los acusados fueron conversos de realizar prácticas judías. Esto situaría el tribunal valenciano como uno de los más represivos de la península, solamente por detrás del de Sevilla. Una de sus víctimas más conocidas fue el humanista Luis Vives, debido a que en casa de un familiar suyo fue descubierta una sinagoga clandestina, Vives se encontraba en Brujas y no sufrió en su persona el castigo, pero sí varios miembros de su familia, entre ellos su padre y varios tíos. Vives permaneció en Flandes y rechazó volver, incluso tras recibir una oferta de la Universidad de Alcalá para impartir clases, por miedo a caer en manos de la Inquisición.
La inmensa mayoría de las víctimas del tribunal, en torno a las tres cuartas partes, fueron comerciantes y profesionales del mundo de las letras y la cultura, como juristas, maestros, libreros e impresores, y profesores de la Universidad. Una de las consecuencias directas fue el empobrecimiento de la vida cultural, ni siquiera obras de la importancia del Tirant lo Blanch se libraron de las sospechas inquisitoriales.
Durante el reinado de Carlos V y Felipe II, la Inquisición vio aumentado su campo de actuación para combatir la extensión de la reforma protestante, en especial contra los hugonotes franceses, y para vigilar a los moriscos, que representan casi un tercio de la población del reino, y son vistos como colaboradores y espías de los piratas berberiscos, y generan una profunda desconfianza por la creencia popular de que siguen practicando el islam en secreto.