El odio de los agermanados a la nobleza, mezclado con fobias étnicas, se proyectó sobre los musulmanes valencianos, que constituían una parte muy importante de los vasallos de señorío y, por lo tanto, de la riqueza nobiliaria. Durante 1521, bajo la dirección radical de la Germanía, se asaltaron aljamas y morerías y se bautizaron masivamente musulmanes a la fuerza a escobazos dentro las acequias. En 1526 el rey Carlos I legalizó estos bautizos y prohibió la religión islámica en el reino, pero los “cristianos nuevos” continuaron practicando a escondidas sus creencias hasta la expulsión definitiva de 1609