L’odi dels agermanats a la noblesa, barrejat amb fòbies ètniques, es projectà sobre els musulmans valencians, que constituïen una part molt important dels vassalls de senyoriu i, per tant, de la riquesa nobiliària. Durant 1521, davall la direcció radical de la Germania, s’assaltaren aljames i moreries i es batejaren massivament musulmans a la força a granerades dins les sèquies. Al 1526 el rei Carles I legalitzà estos batejos i prohibí la religió islàmica al regne, però els “cristians nous” continuaren practicant d’amagat les seues creences fins a l’expulsió definitiva de 1609.