L’edifici que acull el museu fou originàriament un depòsit d’aigües, el primer depòsit d’aigües de València. El construïren Ildefons Cerdà i Leodegario Marchessaux partint d’un disseny original de Calixto Santa Cruz, dins del projecte general d’abastiment hidràulic a la ciutat.

El projecte contemplava la captació d’aigües del riu Túria al municipi veí de Manises, la seua decantació i conducció fins al depòsit, i finalment la distribució per la ciutat en huit fonts públiques, la primera de les quals va ser la de la plaça del Negret, que deu el seu nom a l’escultura infantil que presidix la font, ennegrida pel pas del temps. El servici s’inaugurà en 1850, un dels primers d’Europa.

El depòsit, amb una superfície de 2600 m2 estava originàriament excavat al terra, i es cobria amb onze voltes de taulell recolzades sobre 250 pilastres. A plena capacitat, permetia allotjar més de 9000 m3 d’aigua. La seua ubicació, a l’extrem del terme municipal de València, es justifica per la necessitat d’aconseguir pressió per al subministrament.

Amb el temps, s’incrementà la demanda i calgué construir nous depòsits, com el del Collado en 1932 (a la foto). El nostre depòsit va passar a un segon pla dins del sistema d’abastiment, fins que a la segona meitat del segle XX quedà fora de servici i quasi abandonat. “Redescobert” a meitat dels 90, es va restaurar per a tornar a la vida una de les joies més notòries de l’arquitectura industrial valenciana.

La rehabilitació es va dur a terme entre 1998 i 2001 i va ser molt respectuosa amb l’edifici original.

El MhV es va crear per acord municipal de gener de 2001 amb el manament d’estudiar i difondre la història de la ciutat. La moció manifestava la voluntat de crear un museu d’història integral, que abastara des de la fundació de la ciutat a l’actualitat, i fera ús de recursos expositius d’avantguarda, inclosa la tecnologia audiovisual.

Es va inaugurar com a Museu d’Història de València el 7 de Maig de 2003.